在日本保养期间，还发生了中国水兵与日本警察、民众械斗的事件，进一步刺激了日本人对海军的渴望。当时，情绪激动的北洋水师的洋雇员查琅威理甚至准备下令炮轰日本，被丁汝昌制止。最终双方通过外交途径平息了争端——日本向中国赔偿5万余元。

　　1888年北洋海军建军时，在军中任职已经多年的丁汝昌因为表现良好，终于被扶正，当上了北洋海军“提督”。根据李鸿章的提名，奏准以北洋水师记名提督直隶天津镇总兵丁汝昌为海军提督，旋赏加尚书衔。

　　战场上的胜败，往往是决定于战场之外，作为舰队司令的丁汝昌，所能决定的东西实在不多。1891年，丁汝昌再次率舰队访问日本。鉴于日本海军的发展，回国后曾陈请清政府再购新舰，增强北洋海军实力，以防外患，未被采纳。此时，北洋海军与日本联合舰队相比已经落了下风。

　　“雁型阵”并非失误

　　1894年9月17日的大东沟海战，是北洋舰队与日本联合舰队之决战，此战如果我们胜了，甲午战争或许是另一番模样。这场海战有一个问题指向了丁汝昌，或许这是他能决定的唯一具有决定性意义的东西——阵型。

　　在黄海大东沟海战中，北洋舰队使用了横队阵型，就是我们常说的“雁型阵”。普遍认为，丁汝昌下令排列横队时没有考虑到北洋海军各舰的航速不一，结果导致本来一字形的横队变成了人字形，使得阵型走样，导致了海战的失利。近年来，甲午海战的研究者陈悦则有了不同的看法，他认为“雁型阵”不是失误，而是必然。丁汝昌在海战报告里提到的“夹缝雁行阵”是一个军舰横向排列为两排，后排军舰错落在前排侧后45度角位置的阵型。“这种阵型是流行于十九世纪九十年代之前，该阵型有利于发挥舰首火力，是一种进攻至上的进攻阵型。”同时，北洋海军的主力舰只，主要购买自19世纪80年代，战舰的设计核心就是为了适应横队阵型。因此，“定远”和“镇远”等主力舰，都一概弱化了舷侧的火力，格外加强舰首方向火力。以“定远”级军舰装备的4门305毫米巨炮为例，因为对转向角度做了特别设计，如果排成纵队侧舷作战，一侧只能获得两门，但要以舰首对准敌方作战时，4门火炮都可以转向这个方向来使用。

　　北洋舰队拥有为这种阵型设计的军舰，又组建于这种战术方兴未艾之时，所以北洋海军长期注意加强这种阵型的训练。值得注意的是，黄海海战爆发时，中日双方的阵型选择其实是“知己不知彼”，发现对方时，完全不知道对方的阵型。自己的阵型选择都是针对自身的舰船装备特点、训练熟练程度而做出的。正如日本联合舰队战前定下的无论遇到何种情况都已纵队队形作战的原则，北洋海军实则也是常年联系横队队形，无论遇到何种情况，都会选择横队。

　　丁汝昌的最后时刻

　　丁汝昌对于北洋舰队十分尽心，就在完成了护航任务的9月17日上午，他还带领舰队，进行了基本的训练。当中午十分，发现了日本联合舰队，舰队立即投入作战。大东沟海战一接战，丁汝昌就负伤退出指挥。有人认为，如果丁汝昌早早设下“代理指挥”就不会出现北洋舰队群龙无首的局面。实际上，战前丁汝昌下达三条作战训令：一、舰型同一诸舰，须协同动作，互相援助。二、始终以舰艏向敌，即保持位置，而为基本战术。三、诸舰务于可能范围之内，随同旗舰运动。已经是布置完毕。

　　十九世纪的海上作战并非今日，有无线电的通讯手段。当时，舰与舰之间的通信只有信号旗、灯光、声响几种，都不能传递过于复杂的内容。所以往往是在战斗开始前，下达作战指导方针，战斗过程中很少会出现大的调整。不管丁汝昌是否受伤，“定远”的信号旗是否被击落都不能视为北洋海军失去了指挥。至于设置代理指挥员和代理指挥舰，则是一个伪概念，根本不具有可操作性。

　　甲午战争真正的失误不可能来自丁汝昌。真正的错误，以及那些前后矛盾的命令来自守旧大臣把持的军机处。他们既要丁汝昌远行寻找日本舰队决战，又命令必须保护大沽、山海关、旅顺、威海等地万无一失，舰队不得远离，“倘有一舰闯入，定将丁汝昌从重治罪”。

　　战争期间，朝廷中的顽固派、清流党乘机大做文章，名为指责丁汝昌，攻击李鸿章。对海军事务一窍不通的广西道监察御史要求撤换丁汝昌，河南道监察御史要求治丁汝昌罪，在军机大臣翁同龢推波助澜下，清政府在7月26日竟然明降谕旨：“海军提督丁汝昌即行革职”，29日光绪皇帝又降旨：“丁汝昌暂免处分”。真不知道伊藤博文、伊东佑亨等人看了这样的“情报”作何感想！

　　最终，被困威海卫的北洋舰队被国家抛弃，丁汝昌选择了服鸦片自杀。

　　丁汝昌的最后选择颇似1945年担任德国西线B集团军群司令的莫德尔，莫德尔对希特勒至死不渝，当他面对无法继续的战争时，自己不投降，但并不阻止部下投降以保全性命。在他眼里，这性命就是国家的元气，也是他最后的忠诚。