无奈之下，明神宗只好使出了第二招，即于万历二十一年，即1593年，准备把皇长子朱常洛、皇三子朱常洵和皇五子朱常浩一并封王，借口等他们长大些再择其善者立为太子，以此来搪塞朝臣悠悠之口。结果群臣大哗，明神宗不得不收回前命。后来这件事情一直争论不已，其间又出现了不少“妖书”，影射宫廷嫡庶之争，弄得天下人心混乱。结果，李太后不得不出来干预。她问明神宗道：“为何迟迟不立常洛为太子?”明神宗慌不择言说：“他不过是个宫女的儿子罢了。”李太后本是明穆宗的宫女，因为生了明神宗才被晋封为贵妃，后来儿子即位又成为皇太后的，现在听到皇帝儿子说出这种话来，不由得勃然大怒道：“你也是宫女的儿子!”吓得明神宗赶紧叩首请罪。

　　得到了李太后的支持，又加上群臣的压力，明神宗只好在万历二十九年，即公元1602年十月，无可奈何地立长子朱常洛才为皇太子。至此，“国本之争”告一段落，朝野上下才算安顿下来。

　　群臣虽然取得了胜利，但明神宗心里却憋了一口气。于是他产生了报复心理：你们既然不让我立喜欢的儿子做太子，那我就“不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲”，干脆“罢工”。

　　在这方面，明神宗敢想敢干，想到做到，不让其先辈。他先是不肯上朝，又不肯“召对”大臣，于是慢慢地就连内阁的大学士们也很少见到他的面了;后来更是发展到不批奏章，臣下们的奏章一概“留中”不发。明神宗心里明白，对于那些他不喜欢的奏折，只要一加以贬斥，马上就会给朝臣们找来更多的上奏理由，又使他们得到了“讪君买直”的机会。现在干脆给他一个不理，让这帮“忠君爱国”的臣子们面对皇帝的影子作战。至于他自己，就躲到深宫里与他心爱的郑贵妃风花雪月去了。

　　明神宗沉迷酒色，不但迷恋郑贵妃，而且竟然还玩起同性恋的勾当，就是玩弄女色的同时，还玩弄小太监。当时宫中有十个长得很像定陵出土的刺绣百子女夹衣秀的太监，就是专门“给事御前，或承恩与上同卧起”，号称“十俊”。所以，雒于仁的奏章中有“幸十俊以开骗门”的批评。这一点，明神宗与他的祖上明武宗有一点相像。至于贪财一事，明神宗在明代诸帝中可谓最有名了。他在亲政以后，查抄了当朝重臣冯保、张居正的家产，还让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。为了掠夺钱财，他派出矿监、税监，前往各地四处搜括民脂民膏。

　　由于酒色的过度，使明神宗的身体极为虚弱。还在万历十四年，即1586年，年仅二十四岁的明神宗就传谕内阁，说自己“一时头昏眼黑，力乏不兴”。礼部主事卢洪春为此特地上疏，指出“肝虚则头晕目眩，肾虚则腰痛精泄”。万历十八年，即公元1590年正月初一，明神宗自称“腰痛脚软，行立不便”。万历三十年，即公元1602年，明神宗曾因为病情加剧，宣召首辅沈一贯入阁嘱托后事。可见，此时明神宗的身体状况实是每况愈下。因此，明神宗亲政期间，几乎很少上朝。他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。万历年间开展的平定哱拜叛乱、援朝战争、平定杨应龙叛变等三大征伐的军事行动，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。在三大征伐战事结束之后，明神宗对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。所以，明神宗荒废朝政的情形，有着前后两个阶段：前一阶段是不愿意上朝听政;后一阶段是连大臣们的奏章也不批复，直接“留中”不发。

　　按照明朝的制度，皇帝是朝政大事的惟一决策者。一旦皇帝不愿处置但又不轻易授权于太监或大臣，整个朝廷的运转就可能陷于停顿。因此，明神宗为了讨好宠妃而采取的这种不负责任的“罢工”，无疑给大明王朝带来了致命的后果。

　　据有关史料记载，到万历三十年，即公元1602年，定制官员空缺的现象已然非常严重。这一年，南、北两京共缺尚书三名、侍郎十名;各地缺巡抚三名，布政使、按察使等官六十六名、知府二十五名。按正常的编制，南、北二京六部应当有尚书十二名，侍郎二十四名，这时总共缺了近三分之一。到万历三十四年，即公元1606年，朝廷中央九卿要员中空缺一半，有的衙署竟然一个人也没有。到了万历四十年，即公元1612年，内阁仅剩下了叶向高一个人，六部九卿仅赵焕一人，都察院已经连续八年没有正官。

　　而地方的行政管理，有时必须由一个县的知县兼任邻县的知县。从这样的情形，可以想见万历后期朝政运作的效率。神宗萎靡委于上，百官党争于下，这就是万历朝后期的官场大势。官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。大明王朝几乎瘫痪，已是到了崩溃的边缘。因此《明史》在明神宗的盖棺定论时说：“论者谓：明之亡，实亡于神宗。”